Обсуждая проблему соотношения философии и теологии, Роджер Бэкон стремился смягчить обычное для того времени резкое противопоставление их друг другу. Да, постижение духовных предметов по природе своей мистично, но опыт, знание и философия не могут противоречить вере, потому что они являются следствиями божественного откровения. Своими удивительными результатами они подтверждают наличие сверхмудрого существа, усиливают веру и дают новые аргументы в борьбе с неверующими. Если, как мы выяснили, самой главной среди всех наук у Бэкона была математика, то выше всех наук он мыслил моральную философию. Это цель и венец всего научного знания: научные достижения должны быть направлены на создание таких условий жизни, в которых царствовало бы добро.

Альберт Великий был энциклопедически образованным человеком. Он презрительно относился к тем, кто критикует философию, ибо они, "как грубые животные, поносящие то, чего не знают". Он считал, что возможен синтез античной философии и христианства. Но этот синтез мыслился Альбертом Великим под знаком подчинения догматике христианского учения. Так, в частности, все основные понятия философии Аристотеля (которой он в основном и занимался) были интерпретированы им как соответствующие понятия христианской теологии ("душа как форма тела" есть "душа как субстанция", "перводвигатель" - "бесконечное бытие" и пр.). Его рассуждения явно свидетельствуют о высокой оценке эмпирических наблюдений и опыта, которые должны подтверждать или опровергать рассматриваемые знания.

Самым знаменитым представителем схоластики стал ученик Альберта Великого Фома Аквинский. Он завершил начатую его учителем переработку наследия Аристотеля в духе христианского учения, так как считал, "что философия Аристотеля в основном истинна и, будучи таковой, является мощным инструментом в построении общего христианского мировоззрения". Фома Аквинский не был грубым компилятором, и его целью не было использование авторитета Аристотеля для утверждения христианской веры. Христианство, уже 900 лет официально признанное, не нуждалось в подобной поддержке. Фома действительно считал, что опора на истинное философское знание - залог подлинного расцвета теологии. Все самое лучшее в философии (и не только в аристотелевской, но и в неоплатонизме, патристике, арабской, исламской, еврейской философиях) он пропускает через систему ценностей своего времени, по-иному осмысливает и систематизирует их.

По-новому Фома ставит и проблему соотношения философии и теологии. В философии все решает разум, именно он обеспечивает правильность и надежность философских доказательств. Если в теологии главным аргументом является ссылка на авторитет священных текстов или предания, то для философии "обращение к авторитету является слабейшим из аргументов". Признавая, что философия и теология имеют разные предметы и что их методы исследования различны, Аквинат все-таки считает, что сотрудничество между ними возможно. Философия способна предоставить полезное знание о божественной сущности, использование которого поможет праведному человеку в достижении непосредственного созерцания Бога. С другой стороны, построение, например, подлинной этики не может опираться только на философское учение о нравственности (тем более античного периода, так как христианская этика уже вошла в плоть и кровь современного Аквинату человека), оно должно быть обогащено христианскими нравственными представлениями и подчинено им. В конечном итоге Фома Аквинский отводит философии в системе духовного и научного постижения мира место более низкое по отношению к теологии. Но такое понимание все же не совсем устраивает Аквината, и он "дополняет старую формулу Домиани о философии как служанке (ancilla) теологии формулой, согласно которой ее деятельность по доказательству догматов образует преддверие христианской веры (praeambula fidei)".

Фома Аквинский различал три рода истин: истины разумные (а потому доказуемые при помощи естественного разума), неразумные (иррациональные) и сверхразумные. Многие положения христианского учения нельзя доказать естественным путем. Разуму человека, например, будут непонятны догматы Троицы (Бог един в трех лицах), творения мира из ничего, воскресения из мертвых и др. Но отсюда не следует, что их нужно отвергнуть, они относятся к истинам сверхразумным и могут предстать божественному разуму совершенно иным способом. По мнению В.В. Соколова, такой прием разведения философских и религиозных истин предоставил Аквинату "основание объявить ее (теологию) наукой (scientia), которая стоит выше философии и науки в обычном, человеческом понимании этих слов".

Проблема различения сущности и существования сводится Аквинатом к утверждению о том, что мы можем понимать что-либо, иметь понятие о нем, но ничего не знать о его существовании в реальности: "В ранней работе он замечает: "Я могу понимать, что такое человек или сфинкс, и все же не знать, существуют ли они в природе". Если различие между сущностью и существованием выражено таким образом, оно может показаться достаточно ясным. Ребенок способен усвоить значения терминов "кит" и "динозавр", не зная, что киты существуют, а динозавры, насколько нам известно, не существуют". Но приписывание какой-либо сущности предиката существования и обнаружение предмета, обладающего одновременно этими двумя характеристиками, является случайным обстоятельством. Высказывание "Предмет, соответствующий его понятию, существует" может оказаться истинным, но эта истина случайна. С необходимостью совпадение сущности и существования имеет место в Боге. Отношение между ними можно обнаружить в любых конечных вещах, которые потому и конечны, что имеют обязательно реализующуюся возможность прекратить свое существование. В небесных же явлениях совпадение сущности и существования вечно и неизменно.

Особое отношение к философии наиболее ярко видно при решении Фомой Аквинским проблемы бытия Бога. Какими бы ни были доказательства бытия Бога, они остаются доказательствами рациональными, нацеленными на убеждение через ум. Как ранее отмечалось, самыми "сильными" считались онтологические доказательства. Но они содержали момент, не принятый Аквинатом, а именно момент перехода от человеческого понятия (мысленного содержания) о сверхсовершенном и бесконечном существе к его реальному содержанию. Аквинат утверждает, что никакое конечное существо не может представить и выразить бесконечное содержание божественных атрибутов, поэтому онтологический аргумент является ложным. Нужно идти такими путями, которые естественны для человеческого разума.