Выразителями данного этапа становятся Ф. Бэкон (1561 - 1626), требовавший коренного преобразования наук и видевший в этом основную задачу философии; Р. Декарт (1596-1650), ставший основателем новейшего рационализма в философии; И. Ньютон (1643- 1727), который подвел итоги научной революции, создав обобщающую физическую теорию, которая долгие годы выступала как адекватная картина физического устройства мира.

Фрэнсис Бэкон - английский философ, родоначальник эмпиризма - ставил своей основной задачей создание новой науки, исходя из того, что именно философия может переосмыслить предмет и задачи науки и выработать новый метод в ней. Наука не должна быть самоцелью, она должна работать на людей, увеличивая их господство над природой. "Знание - сила", крылатый афоризм Бэкона стал символом практической направленности науки.

Бэкон создает классификацию наук, которая базируется на различении главных способностей человеческой души. Так, памяти соответствует история, воображению - поэзия, разуму - философия, предметами которой являются Бог, природа и человек. Природу исследует натуральная, или естественная, философия, которая подразделяется на физику и метафизику. В противовес схоластической традиции философия, по Бэкону, должна открывать истины, а не рассуждать о них.

Бэкон "расчищает" дорогу и новой методологии, критически расправляясь с пережитками, которые, по его мнению, были присущи предшествующей науке и которые он образно называет идолами, или призраками. Призраки рода связаны с попытками истолкования всего по аналогии с человеком и с обобщениями, которые не имеют фактического подкрепления. Призраки пещеры базируются на эмоциональных переживаниях человека, которые воздействуют на истину и которые можно преодолеть лишь с помощью коллективного разума. Призраки площади основаны на абсолютизации способов речевого, риторического воздействия на людей, что приводит к искажению логики рассуждения, а следовательно, и истины. Призраки театра опираются на веру в авторитеты и на использование таковых для обоснования истинности утверждений.

Бэкон критикует догматизм и скептицизм, искажающие понимание истины, и силлогизм как единственно достоверный метод логического обоснования. Силлогизм может быть ошибочным, если исходные суждения являются результатом слишком поспешных, недостаточно эмпирически подкрепленных обобщений. В противовес этому он предлагает метод индукции как постепенного, восходящего обобщения, когда происходит переход от частных фактов к более общим положениям и далее уже к еще более общим "генеральным аксиомам". Базовые элементы научного исследования получаются в результате экспериментов, которые доказывают факты более фундаментально, чем простое наблюдение за ними.

Наиболее полно новые взгляды на природу были выражены в картезианско-ньютоновской физике и в становящейся классической философии.