Онтология возникает в истории человеческой культуры одновременно с философией. Последняя в отличие от эмпирических наук, как отмечает А.Л. Доброхотов, с самого начала должна была отстаивать свое право называться наукой. "Эмпирическая наука не нуждалась в такого рода самооправдании: наличие опыта и как материала для обобщения, и как критерия эффективности идеи служило достаточной гарантией целесообразности науки. Но философия претендовала на осмысление того, что в принципе не могло быть предметом опыта. Поэтому решающим для самообоснования философии был вопрос о том, может ли мысль независимо от опыта открыть объективную общезначимую истину".

В качестве базовой предпосылки построения онтологии всегда выступала некоторая искусственно сконструированная идея сущности бытия. Философы исходили из того, что такая идея позволяет мысленно объединить самые различные предметы и явления мира по признаку их существования. Существование различных предметов и явлений и признавалось бытием как таковым. Но наряду с этим возникал вопрос о том, что же лежит в основе мира, нет ли некого особого образования, которое или содержится во всех предметах и явлениях мира, или из него все их можно выделить.

Понятие "субстанция" (от лат. substantia, т.е. первооснова, сущность) и обозначает некоторую реальную основу конкретного мира, проявляющуюся в самых различных формах существования предметов и явлений.

Относительно решения вопроса о том, сколько субстанций лежит в основе бытия, сложились два основных направления. Те философы, которые считают, что в основе мира лежит одна единая субстанция, называются монистами. Например, Б. Спиноза создал монистическое учение о субстанции, которая у него является причиной самой себя: "Под субстанцией я разумею то, что существует само в себе и не нуждается в представлении другой вещи, из которой оно должно было бы образоваться". Субстанция совпадает с мыслящим, интеллектуальным Богом. "Бог... первая причина всех вещей, а также причина самого себя - познается из самого себя". В результате Бог сливается с природой, что в истории философии называется пантеизмом. Конкретные вещи порождаются единственной субстанцией, становясь ее проявлениями, или модусами.

Те, кто считают, что в основе единства мира лежат два исходных начала - дух и материя, - называются дуалистами. Дуалистический вариант создает в своей метафизике Р. Декарт. Общее понимание субстанции у него близко к спинозовскому: "Разумея субстанцию, мы можем разуметь лишь вещь, которая существует так, что не нуждается для своего существования ни в чем, кроме самой себя". Мир состоит из двух видов субстанций. Духовная субстанция неделима, вечна, фактически это мышление, от которого производны его модусы - чувства, воображение и др. Мышлению присущи врожденные идеи, которые не могут быть приобретены в опыте. К ним относятся прежде всего идеи бога, числа. Материальная субстанция, напротив, бесконечно делима, и от нее производны модусы протяжения - геометрические и физические свойства мира. Соответственно, все знания о мире, развивающемся по естественным законам, могут быть приобретены в результате опытного знания.

Г.-В. Лейбниц развивает плюралистическое учение о множественности субстанций, лежащих в основе мира. Это особые духовные единицы, или точки, они просты, лишены частей, непространственны. Лейбниц называет их "монады", а свою метафизику - монадологией.

Монистическое понимание единства мира в истории философии реализовалось в двух основных философских направлениях - идеалистическом и материалистическом. Идеалистический монизм исходит из того, что в основе мира лежит дух, идеальное начало (Бог, Идея, Абсолютный Разум). Наиболее крупные представители данного течения в философии - это Платон и Гегель. Материалистический монизм (Фалес, Гераклит, Спиноза, диалектический материализм) кладет в основу мира некое материальное начало. Правда, следует отметить, что в обоих случаях речь шла о мыслимом материальном начале. Материю нельзя было "потрогать", точно так же как и "идею". Более того, на ранних этапах развития философии, когда происходило становление проблематики, идеалистическая и материалистическая позиции могли пересекаться. Для философии вообще характерно взаимопроникновение школ и концепций, поэтому любые классификации в ней достаточно условны. Тем не менее остановимся на двух только что названных подходах.