Есть и другие формы религиозной терпимости, не являющиеся либеральными. Они основаны на идее о том. что каждая религиозная группа должна быть свободна организовывать своё сообщество так. как считает нужным, в том числе и нелиберальным образом. Например, и Оттоманской империи существовала система миллетов, в которой мусульмане, христиане и иудеи признавались в качестве самоуправляющихся единиц (или «миллетов»). и им разрешалось вводить ограничительные религиозные законы для своих членов. Турки-османы были мусульманами, завоевавшими в XIV и XV вв. большую часть Ближнего Востока, Северной Африки. Греции и Восточной Европы, тем самым приобретя много иудейских и христианских подданных. В силу различных теологических и стратегических соображений турки даровали этим меньшинствам не только свободу вероисповедания, но и более общую свободу управлять своими внутренними делами, имея свои законы и суды. В течение примерно 5 веков, с 1456 г. и до падения империи в ходе Первой мировой войны, немусульманские меньшинства были официально признаны в качестве самоуправляющихся сообществ — греко-православного, армянского православного и иудейского. — каждое из которых далее подразделялось на различные локальные единицы, обычно основанные на этничности и языке. Каждый миллет возглавлялся соответствующим церковным руководителем (главным раввином и двумя православными патриархами), и правовые традиции и обычаи каждой религиозной группы, особенно в области статуса семьи, уважались и проводились в жизнь во всех местах её проживания на территории империи.

В то время как христианские и иудейские миллеты могли свободно вести свои внутренние дела, их отношения с властвующими мусульманами жёстко регулировались. В частности, немусульмане не могли заниматься обращением в свою веру. Но в обозначенных пределах они имели значительный уровень самоуправления и подчинялись своим законам и обычаям. Их коллективная свобода вероисповедания гарантировалась так же, как и владение церквями,синагогами и собственными школами.

Система была в целом гуманной, толерантной к групповым различиям и удивительно стабильной. Но она не была либеральным обществом. ибо не признавала никакого принципа индивидуальной свободы совести. Поскольку каждое религиозное сообщество было самоуправляемым, не было внешних препятствий тому, чтобы это самоуправление базировалось на религиозных принципах, включая насаждение религиозной ортодоксии. Поэтому было мало (или вообще никакого) места для индивидуального «диссидентства» внутри каждого религиозного сообщества и возможности сменить веру. В то время как мусульмане не пытались подавлять евреев, они подавляли еретиков внутри своего собственного сообщества. Ересь (сомнения в ортодоксальной интерпретации мусульманской доктрины) и отступничество (отказ от своей веры) были в мусульманском сообществе преступлениями, подлежащими наказанию. Ограничения индивидуальной свободы совести существовали также и в иудейском и христианских сообществах.